Tras abortar el intento norteamericano de invadir la Isla (Bahía de Cochinos), Cuba acordó con la URSS instalar misiles nucleares en su territorio. Aparte
de atender a la petición cubana, el envío de los misiles era la
respuesta de la URSS a la colocación de armas semejantes por los
norteamericanos en Turquía.
El 16 de octubre de 1962, Kennedy fue informado de que los soviéticos estaban construyendo instalaciones y rampas de lanzamiento de misiles balísticos de alcance intermedio en el oeste de la isla de Cuba.
Su alcance iba desde 1800 a 3500 Km., así que en su radio de acción estaban grandes ciudades del este norteamericano. Las obras ya estaban bastante avanzadas. Las fotografías que lo evidenciaban habían sido tomadas por un avión U2 de la CIA.
En el Comité Ejecutivo del Consejo Nacional de Seguridad, las autoridades norteamericanas barajaron varias opciones en cuanto a qué actitud tomar ante lo que consideraron una provocación soviética: bombardear las instalaciones (opción apoyada por los militares pero que podía desencadenar represalias soviéticas en Berlín, Turquía o la propia Norteamérica), desembarcar en la isla con una fuerza suficiente, iniciar negociaciones con la URSS para que los retirase (Kennedy lo descartó pronto ya que podía implicar concesiones en su base de Guantánamo o retirar los misiles de Turquía) o implantar un bloqueo a las costas cubanas. Finalmente, el presidente Kennedy optó por el bloqueo, cualquier buque que se acercara a Cuba llevando material estratégico sería detenido o, si presentaba resistencia, hundido. El 22 de octubre, Kennedy se dirigió al psís por televisión dando cuenta de la situación. Al mismo tiempo hizo un llamamiento a Jruschev para que retirase sus misiles bajo control de la ONU.
Diecisés destructores, tres cruceros, un portaviones y ciento cincuenta naves cerraron el bloqueo a Cuba hacia la que se dirigían 25 barcos soviéticos escoltados por dos submarinos. A medida que estos últimos se acercaban a la línea de bloqueo parecía que el enfrentamiento era inavitable.
Tras varios días de gran tensión entre las potencias, comenzáron negociaciones. Jruschev envió dos cartas a Kennedy ofreciendo retirar los misiles de Cuba. En la primera le pidía a EE.UU. un compromiso de no invadir Cuba lo que era perfectamente aceptable por Kennedy. En la segunda le pedía que, como contrapartida, retirase los misiles Júpiter que EE.UU. tenía en Turquía, esto era menos aceptable por Kennedy.
“(…) estamos dispuestos a retirar de Cuba las armas que usted considera ofensivas y aceptar esa obligación ante la ONU, Sus representantes harán una declaración de que los estados Unidos, tomando en consideración de las inquietudes del gobierno soviético, retirarían, por su parte, las armas correspondientes de Turquía” (Mensaje de Jruschev a Kennedy, 26 octubre 1962).
Tras
la aceptación de estas condiciones por EE.UU., la URSS ordenó volver a
los buques que se acercaban a Cuba y se comprometió a retirar los
misiles.
Esta crisis estuvo a punto de llevar a las dos potencias al enfrentamiento armado, incluso se temió una escalada nuclear. Conscientes de ello, EE.UU. y la URSS comenzaron a buscar otras vías en las relaciones internacionales: comunicaciones más fluidas ("teléfono rojo"), inicio de una cierta distensión y de unas tímidas conversaciones de desarme.
